色譜柱常采用內壁經過精密加工拋光的不銹鋼管，以獲得高柱效。不銹鋼管耐溶劑、水和緩沖溶液的腐蝕，使用前色譜柱先用氯仿、甲醇和水依次清洗，再用50%的hno3對柱內壁作鈍化處理。鈍化時使hno3在色譜柱中至少滯留10min，以在柱內壁形成鈍化的氧化物涂層。
色譜柱也采用氟塑料、玻璃和玻璃襯里材料，主要是從抗腐蝕和易加工方面考慮。
色譜柱連接方式：
色譜柱接頭通過過濾片與色譜柱管連接，在色譜柱管的上下兩端安裝過濾片。過濾片一般用多孔不銹鋼燒結材料制成，過濾片上的孔徑小于填料顆粒直徑，可阻擋流動相中極小的機械雜質以保護色譜柱，但流動相可順利通過。柱入口和柱出口的連接管的死體積越小越好，一般常用窄孔厚壁不銹鋼管，以減少柱外死體積。
色譜柱的再生：
一般情況下，硅膠和ods等化學鍵合固定相再生是困難的。有時采用下述方法可能提高柱效。
1、由于雜質微粒等因素，使色譜柱上端固定相變色，柱效下降。這時，可仔細地將變色部分除去約3mm左右，再補充新的固定相。
2、當色譜柱吸附未被洗脫的成分時，柱效將明顯下降，可選擇合適的溶劑洗凈。
3、當采用梯度洗脫時，色譜柱在重復使用前，用泵把幾倍于柱體積的起始溶劑壓經色譜柱，以重新建立起始的平衡來得到再生。
色譜柱至少可以使用3～6個月，能完成數百次分離。但若操作不慎，將很容易損壞色譜柱而不能使用。因此為了保持柱效、柱容量和滲透性，必須對色譜柱進行仔細保養。
